「秋田県の木材産業を資源依存型から技術立地型に転換するための基盤の確立」を目的とし、秋田県能代市に「秋田県立農業短期大学附属木材高度加工研究所」として開設。

秋田県立大学の開学に伴い、設置目的を踏襲したまま、秋田県立大学の附置研究所となる。

秋田県立大学大学院・生物資源科学研究所（大学院博士前期課程ならびに博士後期課程）が開設に伴い、大学院教育を開始。「大学院教育を通じて高い技術と研究能力を備えた人材を育成する」という新たな目的を加えた。

University of West Hungary, Faculty of Wood Sciences（西ハンガリー大学・木材科学部）と部局間協定を締結

秋田県立大は「21世紀を担う人材の育成と開かれた大学として秋田県の持続的発展に寄与する」の基本理念の下で独立行政法人となり、秋田県立大学木材高度加工研究所は、日本の大学機関に属する研究機関として唯一「木材」を冠する研究所となる